Kann man Omeprazol über Jahre nehmen?

Ja, mit Nährstoffmängeln bei Eisen, B12, Folsäure und Calcium. Für die Aufnahme ist genügend Magensäure notwendig.
Dass Du nach dem absetzen Probleme bekommst, ist kein Wunder, PP-Hemmer können einen Rebound-Effekt haben. Wenn man sie längere Zeit einnimmt, wird ohne sie viel mehr Magensäure produziert als vorher, was dann zu Schmerzen führen kann.
Absetzen geht also nur mit ausschleichen und für eine Übergangszeit noch zusätzlich Säurebinder einnehmen. mehr dazu:
http://www.apotheke-adhoc.de/Nachrichten/Wissenschaft+und+Forschung/6860.html

bekommst Du tatsächlich Eferox gegen Deinen Eisenmangel? warum kein Eisenpräparat?
Eferox gibt man bei Schilddrüsenunterfunktion, und die Dosis muss durch SD-Labor regelmässig geprüft werden, nach den Wechseljahren sinkt nämlich der Bedarf.